Точно "дефрагментация диска"? У меня скажем были только варианты типа "своя файловая система с автоматической дефрагментацией" или что-то в этом духе. Кому-то доставались менеджеры памяти с дефрагментацией или автоматической сборкой мусора...
В любом случае - смотрите opensource решения и читайте документацию. Так как в списке есть DOS думаю проще взять какой FAT16 или FAT32. Реализаций уйма.
пруф.
