Почему книги хранят вертикально?

Как вы себе представляете возможность быстро взять книгу из середины вертикальной стопки?

во-первых, из вертикальной стопки книгу не так просто вынуть
во-вторых, печатный слой будет переходить из одной страницы в другую

Тут проще чем кажется. Книги были и есть разной высоты. Если складывать их в стопку то надо строить ее похожую на пирамиду, от больших у основания до мелких на вершине. Если вы попытаетесь сделать сумбурную стопку то книги обложки просто испортятся, Да и как высказался предыдущий оратор Армянское Радио "Попробуйте достать книгу с середины стопки"

Думаю, что здесь не только в удобстве дело. Можно представить какое давление будет оказываться на нижнюю книгу. Произойдет деформация.
А вот пару-тройку книг вполне можно сложить в стопку.

Вам стоит ознакомиться с технологией изготовления книги. Обложка как правило из твердорого переплета, а каждый лист в книжном блоке подшивается в нескольких местах и склеивается. Таким образом "ствол" книжного блока монолитный и твердый, вполне может нести нагрузку листов, опираясь на обложку. Да и не забывайте, что книжка, расположенная по диагонали как раз вредит сшитым листам, а расположенная стопкой имеет давление уже не собственного веса, а всех сверху лежащих книг и это имеет более разрушительное воздействие на переплет, к тому же в таком случае происходит диффузия листов между собой.