Как массово проверить корректность файлов после восстановления их с помощью R-Studio?

она смогла найти только файлы по известным типам

- не уверен точно, но это скорей всего и значит, что она нашла эти файлы по заголовкам (с помощью того же GREP, например). Другое дело, что много файлов могут не открыться по разным причинам:
1) файл фрагментирован, а поиск по заголовкам находит только непрерывные файлы;
2) ложное срабатывание - "заголовок" формально удовлетворяет правилу, но то что нашлось на деле не является заголовком для данного типа файлов;
3) тело файлов затерто новыми данным;
4) другие причины.

Посоветую с каждым типом файлов разбираться отдельно. Например, на картинки можно натравить какой-нибудь массовый конвертер - пережать все jpeg'и в jpeg'и с минимальным уровнем сжатия. Хорошие файлы он переварит, а плохими подавится. Может быть конвертер сможет дать им более осмысленные имена из exif'а.

Это далеко не бесплатное решение, но я для похожих задач (восстановление типов файлов по сигнатурам) использовал PowerGREP. Это весьма гибкий и универсальный инструмент, но требует хорошего знания регулярных выражений.

Любая программа для поиска дубликатов по содержимому файлов поможет в этом нелегком деле.
Для каждого типа файлов может быть разная, универсальных нет.
Для графических файлов их множество, Для аудио Similarity неплоха. С момента последнего использования симиларити, по-моему стал уже более функциональным комбайном(не только аудио жрет) + есть аппаратное ускорение

UPD:150415
Выкинь R-studio, пересканируй в Active Undelete (в v10.43 появилась почти профессиональная опция позволяющая перепрыгивать бэды в районе +/-512 секторов)

Написать свой скрипт или прогу, вроде не сильно сложно проверить известные заголовки у самых популярных файлов.