https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-sys...
Судя по описанию можно установить как глобально (для сервера) так и сессионно (для одного клиента)
Оттуда же:
System variables can be set at server startup using options on the command line or in an option file. Most of them can be changed dynamically while the server is running by means of the SET statement, which enables you to modify operation of the server without having to stop and restart it.
То есть или прописывайте в my.cnf (какая у вас ось?) и перестартовываете сервер, или в соединении пишите
SET SESSION max_user_connections = 123;
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/set-statem...
