Как организовать учёт трафика в сети?

Встроенные средства практически никакие в этом вопросе.
Сторонний софт - типа kerio или трафик инспектора решает все озвученные задачи, но стоит денег, и довольно тяжелый. Соотношение цена качество не на высоте. С другой стороны - довольно прост, и не требует знаний в администрировании, админить может даже домохозяйка.
Лично я предпочитаю пользоваться железными решениями. В зависимости от нагрузки и требований -от недорогого но функционального микротика, до навороченных железок от циски и прочих гигантов рынка.

Советую глянуть в сторону Traffic Inspector и ему подобных.

поставьте прокси на этот сервер - и анализируйте его логи. пользователей через проксю можно завернуть политиками или настройкой transparent proxy.
squid есть и под Win2003.