Как залить полуальфой в libGDX?

Могу ошибаться, но вроде как использовать glClear для таких целей не совсем 'красиво' и не всегда работает с настройками по умолчанию.
В твоём случае правильней было бы рисовать прямоугольник на весь экран и уже его цветом управлять.

1. glClearColor заполнит буфер цвета тем значением, что вы туда передаете, отчего вы считаете, что там что-то останется от предыдущего?
2. Делайте биллбоард (ну квад, перпендикулярный камере) во весь экран, ставьте его по z раньше вашей картинки, заливайте альфой, включайте blend