1.Отельная папка для плагина.
2.файл который выполняется при активации -install.php в корне(установка настроек плагина,создания кастомной таблицы в базе)
Деактивацию - в корне uninstall.php(удаления настроек, кастомной таблицы в базе)
3. В папке assets: папки css,img,js. В папке includes подключаемые файлы php.В папке lang файлы перевода.
4. Главный файл по названия плагина. В нем только установка хуков. Подключения остальных файлов.Файл readme.txt по стандарту.
Ну и никто вам не запрещает использовать ООП код. Или структурировать свой код по файлам/классам.
пример
class emailer {
static function send($post_ID) {
$friends = 'bob@example.org,susie@example.org';
mail($friends,"sally's blog updated",'I just put something on my blog: http://blog.example.com');
return $post_ID;
}
}
add_action('publish_post', array('emailer', 'send'));
Ну а вообще гляньте как написаны хороши/популярные большие плагины. Благо код у большинства полностью открыт.И возьмите шаблон который вам понравится на вооружения.
Ну и про стандарты кодирования wordpress для php, html, css, js не стоит забывать.
https://github.com/hlashbrooke/WordPress-Plugin-Te...
admin-page-framework.michaeluno.jp/tutorials 
