Какие есть системы ведения базы знаний?

Советую ставить именно MediaWiki. Она является основой для Википедии, а это обеспечивает ей самое большое комьюнити.

К MediaWiki рекомендую поставить расширение Semantic MediaWiki
Это расширение позволяет указывать типизированные связи между страницами, и задавать странице типизированные атрибуты.

Например, на странице пользователя можно указать телефон пометив его типом телефон. Далее, используя простой запрос, на общей странице можно построить таблицу с контактами пользователей.

К Semantic MediaWiki, также есть множество расширений по форматированию данных.
Например, указав подчиненность можно также автоматически отображать OrgChart (пример)

Все в сумме и позволяет хранить не только документацию, но и знания.

MediaWiki монструозна. Посмотрите в сторону DokuWiki, если решитесь на использование wiki скрипта.

Задача выбора Wiki никогда не вставала, т.к. использовалась та, что идет в комплекте с «трекером» (Trac, Redmine, etc)…

P.S. Технические проблемы с Wiki куда более проще по сравнению с организационными (когда кто-нибудь не хочет вести документацию или делает это «на оте… ись»). Поэтому берите ту, которую проще установить или с которой уже приходилось работать и не переживайте.

Если специально под IT-тематику, то советую Atlassian Confluence.

Попробуйте MyTaskHelper.ru

попробуй TikiWiki

lmgtfy.com/?q=Knowledge+management+system

FosWiki, или ее менее развивающегося предка TWiki.

Мы используем PHPKB www.knowledgebase-script.com/

Нужно ведение документации сети, оборудования, инцидентов. Желательно с отчетами по всем изменениям.

GLPI + OCS Inventory посмотрите. Или более простые Trac и Redmine.

Подумал использовать mediawiki, но мне кажется, что это слишком универсальное решение.

Использовали в компании mediawiki на первоначальном этапе, но с ней есть ряд неудобств, которые проявляются через некоторое время использования.

Хотелось бы какую-то систему специально под IT тематику.

Попробуйте систему Helperfy.com для ведения базы знаний.
Система отлично подойдет для IT, мы ведем похожие тематики, также можно дорабатывать систему с помощью виджетов под себя.