Yii 2 checkboxList в колонку?

Для тех, кто еще сталкивается с подобным. Проверьте, что вы используете yii\bootstrap\ActiveForm, а не yii\widgets\ActiveForm

Тот же gii по стандартным шаблонам генерирует с использованием yii\widgets\ActiveForm

надо добавить в option параметр 'separator' => '<br>'

<?=
    $form->field($model, 'planets')->checkboxList(
            ['Меркурий', 'Венера', 'Земля', 'Марс', 'Юпитер', 'Сатурн', 'Уран', 'Нептун'],
['separator' => '<br>']
    )->label('Какие планеты по вашему мнению обитаемы?')
    ?>

Вот