Чем админить компы в сети?

иметь возможность манипуляции с программным обеспечением на клиентском ПК

если тут имеется ввиду установка/удаление, а тут

получать какие-нить отчеты

что-то вроде инвентаризации со списком программного обеспечения в компании, и железом, то гляньте в сторону Kaspersky Endpoint Security + Security Center, правда я не уверен, что оно умеет

где и сколько времени каждый пользователь проводит

сам я KSC использую вот уже года 2, безумно им доволен, спосал в очень многих ситуациях

LanAgent

Если Windows - Active Directory.
Все управляется по RDP прям с рабочего места. С помощью GPO можно целым группам ПК устанавливать разрешения и ограничения, к приложениям, шарам и прочему.

Если уж домен прям вообще не интересен. То есть некоторые корпоративные антивирусные решения позволяют контролировать машины. DrWeb энетрпайз. Можно костыльным методом блокировать какое то ПО, блокировать порты, сайты по доменам и прочее.

Без домена - есть OPSI

У вас слишком расплывчатые запросы.
Удаленное управление, это один софт.
Программа шпион, это другой софт
И увидел еще как минимум еще намек на прокси сервер.

Для мониторинга работы пользователей можете посмотреть эту систему Bitcop Security.