Какие средства вы используете при работе с backend??

1. git репозиторий
2. vagrant + ansible для настройки окружения (php 5.6, postgresql 9.4, nginx и далее уже то что нужно конкретно к проекту)
3. базовый каркас приложения на основе symfony2 (чуть чуть изменена структура под себя)
4. behat, phpspec - основные настройки
5. phpcpd, phpmd, php-cs-fixer и прочие приблуды для автоматического анализа кода и генерации отчетов
5. gulp - для сборки бэкэнда и фронтэнда
6. скелет angular приложения для админки

Что бы не сойти с ума почти все сделано в рамках базового каркаса приложения, и далее уже допиливается под проект.

7. генерация ключей для деплоймента и их шифрование в gpg с ключами разработчика и CI-ки (если нужно)
8. настройка CI

Ну а далее идут уже митинги, обсуждения, и кодинг собственно

> Хотелось бы услышать пошагово, в двух трех словах

1 - нужен каркас проекта, обычно можно заюзать каркас фреймворка
2 - если проект мелкий или средний не юзай менструозные фреймворки типо yii2 или symfony2, проблем больше огребешь
3 - git, intellij, sourcetree, sublime, zsh, vagrant + ansible, gulp
4 - просто начни делать проект, когда что-то понадобиться будь то изоляция, быстрая переносимость с машины на машину, возможно не инсталить проект по 7 дней или не собирать его по 8 часов, сам до всего дойдешь

Использую свою разработку (фреймворк, делал сам на чистом PHP + полностью свой .htaccess для защиты от большей части "кривых" запросов), собственный ORM и FORM-builder; использую Far для редактирования, использую ionCube для "защиты" (ну тут всё понятно, хотя бы как-то...) своих приложений.
Если интересуют подробности - в личку.

1. git репозиторий
2. vagrant окружение
3. каркас каталогов
4. окружение авто тестов
5. подключение CI системы
6. README.md
--
7. можно уже и покодить

CleverStyle CMS для разработки, как следствие многие вещи делаются очень просто, к примеру, отсутствует процесс сборки проекта, так как эти занимается сам движок.
PhpStorm с настроенными File Watchers - пишу SCSS, CoffeeScript, HAML, сразу получаю CSS, JS, HTML, очень удобно.
Git для контроля версий и деплоя (по git push production делается hard reset на сервере).
Продакшн в последнее время под Docker, сделал специальный набор контейнеров для этого дела, которые линкуются и работают вместе: docker-webserver
Разработка под Linux, для бекенда намного удобнее чем Windows, и даже Mac OS X, так как меньше танцев с тем же Docker, ну и окружение аналогичное продакшену.
Очень полезно подключить SensioLabInsights и Scrutinizer для статического анализа в добавок к тому, что есть в IDE, много чего находит и подсказывает, Travis CI для запуска тестов на каждый коммит.