Два варианта:
1) canvas и рисовать слои друг над другом (первый сайт)
2) Возится с div'ами. Просто накладывая картинки с прозрачностью (вторые два сайта).
Выглядят картинки так:
А вообще можете через dev-tools сами посмотреть как и что сделано
У них используется много полупрозрачных изображений для отдельных ингредиентов.
Вот, например, изображение для начинки "шампиньоны" 500600.ru/images/ingridients/shampiniony1.png
Изображения накладываются друг на друга с помощью JS в объекте типа canvas.
Вот так это реализовано в HTML: copi.st/LE8L
sempai.su/meniu/pitstsa, кнопка "сделай Пиццу сам".
Драгэндроп (перетягивание) тоже работает. Построено на старом mootools, но на jquery переделать не долго.
Сделано с помощью варианта на клонировании png. В окне открывается ифрейм, так что можно просто подсмотреть код.
Простой
