Плохая ли это идея конфигурировать классы/сервисы с помощью замыканий, а не, например, массивов?

Нет, не лучше.

Конфиги бывает нужно мёрджить, кешировать и т. д. В том же ZF2 конфиг одного модуля может переопределять значения другого или даже глобальные настройки приложения. С замыканиями это будет не так просто.

Но даже, если и делать так, то уж идти ещё дальше, до конца, просто создавать наследника class MyRoute extends Route и в итоге код будет проще:

$router = new MyRoute();
$controller = $router->match('/some/path');

Мне кажется, что правильно, это когда конфигурационный файл содержит только значения настроек и ничего не знает о том, кто и как эти значения будет использовать. В вашем случае получается, что конфигурационный файл предоставляет замыкание для настройки объекта класса Router.

Выглядит неплохо, но лучше передавать функцию не в конструктор, а в какой-нибудь метод. Тогда для конфигурируемых подобным образом классом можно будет использовать примесь, что-то типа такого:

trait ClosureConfigurable {
    public function configureWith(Closure $closure) {
        $closure($this);
    }
}

Таким образом конструктор не будет содержать дополнительный код, а логику работы примеси можно будет безболезненно менять и дополнять (например, ставить замыкания в очередь, передавать им дополнительные параметры, сделать условную конфигурацию и т.п.).