Для надёжности стоит выполнить резервную копию при помощи Hiren's Boot CD/ Acronis/ Clonezilla на внешние носители (USB, DVD, другой комп по внутренней сети), а затем уже выполнять установку Линукса.
В случае нужды восстанавливать тем же ПО, что и резервировал.
При установке Линукса можно в экспертном режиме разметки диска указать какие разделы не форматировать и вручную указать объёмы будущих разделов и точки для монтирования. Но если в разметке разделов не разбираешься в разметке, то лучше доверить установку Линукса полностью установщику. Единственное, нужно иметь после установки свободного места хотя бы 20 ГБ на будущее для выделения нового раздела в конце диска за счёт уменьшения раздела NTFS.
