Как вы собираете TypeScript по графу зависимостей?

Если, например, собирать приложение с помощью browserify, то достаточно указать точку входа, в конечный бандл будут добавлены только те файлы, которые были явно затребованы через require. То же самое с RequireJS и при транспиляции через Babel. Как добиться того же самого для TypeScript? Делать typescript --out bundle.js **/*.ts не вариант, в папке могут быть несколько приложений (несколько точек входа), держать отдельно список нужных файлов в нужном порядке -- прошлый век.