Чтобы понять, какие решение вам надо, вам надо задать себе следующие вопросы:
1. Предполагается ли документацию выносить наружу?
2. В каких выходных форматах вы хотите поставлять документацию? Предполагается ли печатка (как класс)?
3. Предполагается ли многоуровневая документация (т.е., например, несколько модулей для клиента А, несколько для клиента Б и т.п.)?
4. Надо ли документировать API (руками или автоматически)?
5. Кто будет осуществлять поддержку всего этого хозяйства?
6. Какой объем (примерно) сейчас и какой объем будет после года?
7. Надо ли хранить версионность всего этого добра?
Есть еще вопросы, но на текущий момент пока хватит :)
