Правильно ли я понял работу фреймворков?

Фреймворки это набор готовых решений для стандартных задач. Воспринимайте их как кучу отдельных библиотек. Скажем нет смысла раз от раза писать снова и снова маршрутизацию запросов и т.д.

В контроллере использую готовые функции например работа с БД.

Основная задача контроллера - быть посредником между представлением данных (HTTP например, или web интерфейс, или CLI) и логикой их обработки. То есть работать с базой данных в контроллере вы можете, но не рекомендуется (только если вы знаете к чему может это привести и чем плохи толстые контроллеры).

Остальная логика приложения, бизнес логика - это чистый и красивый PHP. Для удобства иногда можно чуть чуть увеличить связанность кода приложения и библиотек которые вы используете но это опять же это не очень хорошо и вы должны понимать к чему это может привести.

Но если я хочу написать например обрезание фото квадратом, то я должен реализовывать свой велик?

Подобный функционал, обрезка картинок, работа с графикой и т.д. уже реализованы до вас. Обычно все что нужно сделать разработчику - обернуть это дело красивым интерфейсом, который будет скрывать все детали того, как происходит обработка картинок.

Тоесть половина функционала это функции фреймворка, половина это мои велики...

Не велики, а бизнес логика. Фреймворк предоставляет вам каркас, решение типичных задач. В случае простого CRUD соотношение вашего кода к коду фреймворка библиотек может быть 1/10. В случае сложной бизнес логики и специфичной инфраструктуры - 10/1.

https://github.com/Folkloreatelier/laravel-image

фреймворк дает Вам набор готовых инструментов, которые вы настраиваете под свои задачи. а при хорошей логике и умением ею пользоваться, можно избежать многих велосипедов.
ЗЫ работа с базой, обычно, идет в моделях где MVC структура. контроллеры же аккумулируют и обрабатывают все, что вы наизобретаете и отдадут во вью.

маршруты, контроллер и вьюхи

Это называется MVC, всего лишь один из шаблонов проектирования. Различные фреймворки в различной степени заморочены на MVC.

обрезание фото квадратом

Это уже не велик, а специфический функционал для вашей конкретной задачи. Вот если вы начали писать свой УникальныйФреймворкПодходящийДляВсего, то это был бы 100% велик.