Почему нагрузка CPU резко возрос до 100%?

Смотрите логи mysql. Возможно запросы без индексов. Возможно какая-нить innodbшная свистоперделка слетела. Всё в логах будет.
UPD. Ну и написали бы характеристики машины + средние размеры таблиц + нагрузку на mysql (requests per second), например через mytop можно посмотреть.

Посмотрите какие запросы выолпняются сейчас
SHOW PROCESSLIST

Логируйте медленные запросы - конфиге пропишите что-то вроде этого:

slow-query-log = 1
slow-query-log-file = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 1
log-queries-not-using-indexes

Ну банально у вас самый дешманский дроплет для школьников апач сожрал все ресурсы мускул умер из за нехватки памяти тут и к гадалке ходить не надо