Хорошие ребята используют apt-get или aptitude?

Пакетный менеджер один - dpkg.
apt, apt-get, aptitude - лишь фронтенды для dpkg.

Да то, что удобнее, то и стоит использовать.
Для DevOps скриптов - apt и dkpg
Для работы вручную - aptitude

Хорошие ребята используют pacman и yaourt ;)

Это дело вкуса каждого. Кому-то нравится командная строка, а кому-то - графический интерфейс (пусть и текстовый).
До некоторого момента для Debian рекомендовали использовать aptitude, но как только решили проблемы с apt, то стали рекомендовать последний.
Есть ещё cupt, разрабатываемый бывшим разработчиком apt. Позволит более тонко управлять пакетами. По-моему, подходит больше для уровня выше среднего. Его нужно устанавливать отдельно и желательно последние версии.