Как извлечь (оставить) только определенные цвета в изображении?

Просто прелестный скрипт для этой задачи: www.fmwconcepts.com/imagemagick/mapcolors/index.php
Для красного цвета:

convert input.png -fill white -fuzz 10% +opaque "#FF0000" result.png

Первое что пришло в голову - пройтись по всем пикселям и сравнивать цвета, если совпадают с нужными - то оставляем, иначе закрашиваем белым, но думаю есть и по лучше варианты )

Используйте библиотеку GD

Перебирайте изображение по пикселям.
Есть замечательные функции:

* int ImageColorAt(int image, int x, int y)
Возвращает цвет точки (x,y) в изображении image.

Проверяйте условием и заменяйте на нужны цвет.

Можно сделать по другому.
Перебрать все изображение с помощью ImageColorAt(int image, int x, int y)
Составить массив из всех цветов которые есть.
Затем из этого массива убрать цвета которые вы хотите оставить
Затем произвести замену всех цветов на прозрачность ImageColorTransparent(int image, int color)

Как получить только пробки с карты Google Maps?

Достаточно для тайлов использовать сервер mt2.google.com (вместо двойки рандомная цифра от 0 до 4), и передавать параметр apistyle для стилизации. Например:

http://mt2.google.com/vt/v=w2.106&x=40920&y=24398&z=16&s=&lyrs=m@1448924743,traffic%7Cseconds_into_week:-1&opts=T&apistyle=p.v%3Aoff