Существует ли возможность применить AGC фильтр для звука при воспроизведении видео под linux?

При воспроизведении _любого_ видео -- нет. Ни на виндоуз, ни на линукс еще не придумано кнопки, которая бы могла заменить звукорежиссера.

Тем ни менее, более-менее поджать совсем уж граничащий с браком динамический диапазон и нормализовать звук можно, например, с помощью dynaudnorm фильтра для ffmpeg'a. Некоторые "задумки" режиссера потеряются, но как я понял у вас как раз и проблемы с этими задумками и вы хотите от них избавиться.