Какие есть хорошие книги по архитектуре приложений?

По архитектуре приложений ничего дельного нет. Все что мне доводилось видеть - это описание того или иного подхода, рассморение его достоинств. Общего обзора по этой теме нет (я не встерчал). Чтобы разбраться в вопросе архитектуры ПО, начинайте читать отсюда и дальше по ссылкам из блока see also. Это, пожалуй, будет самый быстрый способ. Если что-то непонятно по тому или иному вопросу - подчитывайте статейки по этой теме (их много даже на русском на всяких хабрах и подобных ресурсах).

Таким образом вы сможете быстро освоить терминологию, что позволит дальше закрывать белые пятна в целостной картине по мере прочтения мелких частных статей, понимая, о чем идет речь в целом. Опять же это (освоение архитектурной терминологии) позволит вам правильно формулировать запросы на поиск необходимой вам дополнительной информации.

Я сам так сделал когда-то. Весьма неплохо разобрался :)

Книги по архитектурам:
The Architecture of Open Source Applications
aosabook.org/en/index.html
Аналога на русском языке не встречал

Есть два варианта работы backend части:
1. Работает в жесткой связке в фронтом. При каких-либо действиях в браузере информация передается в backend, который формирует новые отображения для браузера. Почти все современные web-framework из коробки работают в таком режиме.
2. Back отдает информацию в json/xml виде. REST - запрос информации скопом, т.е. в одном запросе может возвращаться информация о разных частях системы. RESTfull API - работа с конкретным объектом через http запросы (GET - получение, POST - создание, PUT -изменение, DELETE - удаление).

То что во втором пункте называется API, может быть несколько уровней доступа, например внутреннее API и внешнее(внутреннее - сами используем, внешнее - отдаем сторонним разработчикам).

Backend мобильного приложения чаще всего работает по 2 варианту.
Backend сервиса может работать по обоим вариантам, если в проекте сложный frontend, то в последнее время наблюдается смещение в сторону второго вариант работы (SPA - single page application работают через API).

Ядро приложения - некая часть кода + база данных, которые могут быть перенесены в другой проект с такой-же бизнес логикой. Ядро не должно быть привязано к конкретным фреймворкам, чтобы можно было сменить какие-то конечные части системы(php фреймворк, javascript фреймворк) с минимальными потерями.