Что почитать по структуре проекта на angularjs?

Почитать можно тут
Из того что бегло увидел:
- Не использовались директивы (с версии 1.5 компоненты)
- Не использовался controller as синтаксис
- Лучше использовать ui-router вместо штатного роутера
- Аяксовые манипуляции принято выносить в сервисы
- Ну и по мелочи (получение данных лучше делать на стадии роутинга)

Более двух лет использую эту концепцию, проблем не замечалось:
ivanproskuryakov.github.io/publications/AngularJS-...

Боевой пример: https://github.com/ivanproskuryakov/Aisel/tree/mas...

Из того что есть на гитхабе,
Вы пошли по стандартному пути MVC - данный подход хорош, но не в разработке на ангуляре,
При написании на анугляре нужно использовать компонентный подход, этого можно добиться если использовать
Provider и Directive.

Я в своих проектах придерживаюсь правила, никакой бизнес логики не писать в контроллере роута,
Взаимодействие с сервером только через провайдер
Любое отображение через директиву, а директиву уже выводим в шаблоне нашего роута,

Данный подход позволяет очень быстро наработать свою базу провайдеров и директив и переиспользовать их в других проектах.

Советую почитать:
https://github.com/johnpapa/angular-styleguide
https://toddmotto.com/no-scope-soup-bind-to-contro...

src
| - appication (каждый js это отдельный модуль)
| - page
| - - page.js
| - - page.css
| - - page.html
| - application.js
| - application.html
| - application.js
| - directive
| - logo
| - - logo.js
| - - logo.html
| - - logo.css
| - provider
| - user
| - - user.js


Подключаем gulp и любуемся нашим приложением