Как правильно настроить клонирование в SmartGit?

Исходные данные: Ubuntu 14.04, SmartGit v7, простое приложение (*.php) в /var/www/myblog/
Настраиваю, чтобы приложение находилось в /var/www/myblog/ и в удаленном репозитории на github.
Пробую:
1. Создаем удаленный репозиторий на github
2. SmartGit -> Repository -> Clone
3. Указываем ссылку на репозиторий и папку где будет распологаться репозиторий, соответственно, /var/www/myblog/
4. Получаем вот такую папку /var/www/myblog/myblog.git (и /var/www/myblog/myblog.git/.git ), естественно SmartGit не видит моих файлов в /var/www/myblog/
5. Для эксперимента, повторяем пункты 1-3, только указываем другую папку, например ~/documents/myblog. SmartGit сразу же создает скрытый каталог .git и работает как нужно.
Почему в первом случае создается промежуточный каталог myblog.git, и как это обойти?