SSD: долго удаляет множество мелких файлов (node_modules). Как ускорить?

Вопрос бессмысленный без указания файловой системы и ОС.
Так же неплохо бы указать средний размер файла, количество файлов в директории откуда они удаляются, размер диска, и процент его заполнения.
Ну и способ удаления интересно узнать - через интерфейс системы, сторонней утилиты или как это вообще делается?
Скорее всего дело не в SSD, а в ФС.

Ну или вот это вполне может проблемы создавать "- отключен своп-файл."

Это старая проблема, на ЖД всё было бы ещё хуже. Перед удалением сделайте из папки архивный файл и его удаляйте.

Единственное что могу посоветовать - удалять минуя корзину (Shift+Del).

поставьте PrimoCache и включите отложенную запись, да костыть, но какой шустрый.
если важные данные то проблема отсутствия ибп с таким костылём обостряется на порядок.

Аналогичная проблема. Я думаю, что дело в проводнике, или компонентах системы. Я думаю, стоит попробовать сторонний файловый менеджер(far, total commander и т.д.) или cmd в крайнем случае загрузиться с другой системы.