Какие программы используются для создания gif анимации?

Это видео, созданное в adobe after effects или подобных редакторах, конвертированное в гифку.

Для простой склейки изображений: "easy gif animator"
Для сложной анимации (какую добавили вы): с помощью "After Effects" создаете видео, а потом из видео делаете gif.
P.S. это намного сложнее, чем кажется

Можно подрочиться в фотошопе. :D

А вообще, почему бы не использовать Flash Player?