Можно ли писать на io.js плагины для командной строки и как написать его вообще(на node.js)?

Не очень врубился. А на винде сработает?

судя по "Кроме того, можно ли как - нибудь скомпилировать скрипт io.js/node.js например в ехе"

у тварища win и #!/bin/env node не сработает

Это я знаю. Но если я хочу просто писать скажем mymodule 'do this', то как?

cmd файл нужно положить в папку которая прописана в системе в системной переменной PATH
нода например у меня сюда ложит
c:\Users\{name}\AppData\Roaming\npm\

если создать там файл mymodule.cmd
то после этого он будет запускаться откуда угодно как вы и написали (без cmd, для bat должно быть аналогично), все доп параметры передаются.

Dark Hole: подозреваю что npm сам такие файлы может генерить,
надо прописать параметр bin в package и при установке он их сам создаст
stackoverflow.com/questions/10396305/npm-package-b...

Юрий: т.е. прописать #!/usr/bin/env node и можно будет вызывать без node?

Dark Hole: "#!/usr/bin/env node" это подойдет только для unix based систем (linux / macos)
для винды cmd, как я описал, но npm это сам делает во время установки если в package.json параметр bin прописать

Юрий: а где package.json лежит?

Dark Hole: в корне проекта должен лежать

Dark Hole: если нет - погуглите npm package.json и создайте