Как 2 Unity разработчика могут работать удалено над одним проектом с разных OS?

на самом деле все просто, у Вас есть закрытый репозиторий:

1. добавьте в него своего друга
   
2. создайте две ветки, одну для себя, другую для друга
   
3. пишите код
   
4. периодически сливайте две ветки в одну goto 3;
   

как-то так, но в целом, я больше рекомендую Bitbucket (как по мне, более удобный), есть возможность создавать mercurial-репозитории, а для него в свою очередь есть отличная gui-оберка HgTortoise, для доступа по ssh из-под Windows используйте Putty, если надоест каджый раз при коммите вписывать лог/пас.

mrimsh.blogspot.ru/2013/08/unity3d-github.html - тут и игнор прописан и так далее
stackoverflow.com/questions/18225126/how-to-use-gi... - на англ
минута гугла

Всё очень просто: периодически отправляйте архив проекта друг другу на почту.
А если серьёзно, то просто подключите своего друга в к своему репозиторию.