Что стоит поправить/подучить?

Похоже, что я запутался в MVC - то что должно быть моделью я записал контроллером. Но тогда я не совсем понимаю - а что в таком случае контроллер? "Правильный путь" начал читать на русском. Про захламленность проекта тоже понял

Антон Хмыров: вообще есть 2 концепции тонкий контроллер-толстая модель и наоборот.

В Yii2, например, используется тонкий контроллер. Т.е. контроллер (action в контроллере) принял запрос, подключил нужную модель, отдал данные в модель, модель с данными что-то сделала и отдала ответ в контроллеру. Контроллер передал ответ от модели во View и отправил ответ пользователю.
В модели в это время данные могут пройти валидацию, сохраниться в базу данных, дополнительно какие-то данные из базы подтянуть и т.д.

Посмотрите кусок видео (минут 10-15), в котором рассказывается про тестирование в Yii2, но в данном отрезке автор говорит про разницу моделей в Yii2 и в Symfony2: https://youtu.be/gRmEpUYaS20?t=1h34m55s
Уверен, что некоторое понимание после этого появится.

Антон Хмыров: архитектуру вы выбрали не совсем верную, но я бы не сказал что ваш код ужасен. Скорее наоборот, он в разы выше по качеству, чем у большинства "веб-девевопперов".
Я бы посоветовал на данный момент сразу переходить на разработку с помощью фреймворков. Laravel на мой взгляд идеально вам подойдет.

Кирилл Арутюнов: Спасибо за развернутый ответ, обязательно посмотрю.

Andrzej Wielski: спасибо за ответ, фреймворки думаю начинать смотреть -
сомневаюсь между Yii2 и laravel

Антон Хмыров: не сомневайтесь, начинайте изучать bootstrap.

Антон Хмыров: или skeleton.

Антон Хмыров: Можете смело выбирать любой (между Yii2 и Laravel). Оба хороши, оба имеют хорошую документацию и отличное комьюнити.

Антон Хмыров: На мой взгляд у Laravel более низкий порог вхождения, и архитектура получше. Работа с view у Yii реализована не лучшим методом. Laravel же использует свой шаблонизатор Blade, что явно плюс - код шаблона более понятен.