При запросе к коллекции сервер mongodb уже работает или запускается призапуске сервера nodejs например.
Кажется, вы не работали не только с nosql, а вообще с любыми многопользовательскими СУБД. Монга это не SQLite: запускается демон и слушает порт на подключения по сети.
И mongodb устанавливается в сис. файлы?
Вообще вопрос не понял. Что для вас "системные файлы"?
Если установить в директорию с проектом или это не играет роли куда и как установилась mongodb.
Я думаю, в директорию с проектом не стоит устанавливать.
Если же в любом, то как можно указать папку с коллекциями, через mongod?
Ну вроде бы да, в любой нормальной клиент-серверной СУБД директория к данным настраивается.
Вообщем, почитайте отсюда что-ли
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BB%D0%B8%D... , вам нужно понять, что монга со своими данными живет сама по себе, а ваше приложение - само по себе, и взаимодействуют они с помощью TCP. Следовательно, нет никакого смысла как-либо связывать директорию с проектом и директорию с БД Монги, т.к. они могут находиться на совершенно разных машинах.
Простой
