Как выгрузить .3ds файл в массивы(буферы) с помощью java? (Вершины, цвета, нормали)?

Вам нужно экспортировать файл .3ds в расширение.obj.
Это делается массой путей.Лично я, по своим соображениям удобства, импортирую .3ds в Unity, а потом экспортирую при помощи данного плагина.
Как загрузить модельку .obj - легко ищется поисковиком.
Обычно, к моменту релиза,.obj конвертируют в более дружественный для runtime и меньший по весу формат .g3db.
Сделать это можно с помощью данной утилиты.