Мануал для людей, которые хотят изобрести что-то на МК и тому подобных, но знают лишь как пахнет канифоль?

1. Язык Си всё ещё преобладает (С++ пока редкость, скорее). Указатели, перечисления, препроцессор, как работает компилятор (стэк, локальные переменные, линковка). Пожалуй, даже более важно: научиться правильно разбивать проект на модули, С и H файлы, система контроля версий, HAL, вменяемые имена, DRY,　KISS,　вот это всё (см. "making embedded systems" и "The art of designing embedded systems").
2. Осциллограф (цифровой) - для дома дороговато, на работе маст хэв, логический анализатор (есть довольно бюджетные), внутрисхемные отладчики для конкретных чипов, демоплаты. Фен (всякую мелочь им приятнее паять, а выводные компоненты сейчас скорее редкость), кусачки\пинцеты, лупа, лампа...
3. По мере необходимости будет ясно. Если будете на радистов работать-одно, если на энергетиков-другое, если на медиков-третье. Но вообще электроника очень обширна, по одним только ОУ тома написаны. Транзисторы, силовая электроника, скоростная электроника, помехи, операционные системы, читать-не перечитать.
4. Не знаю.

Кроме теории, обязательно надо сделать что-то практическое, причем не абстрактное - помигать LED, подвигать сервой, а реального применения - умную зарядку для литиевых аккумов, Ambilight-подсветку для монитора, балансирующую двухколесную тележку для подвоза баночки пива, NFC-дозатор корма для кота и т.д., ибо пр этом сразу всплывает куча схемотехнических и алгоритмических нюансов, которые "на бумаге" были ну совсем очевидными, а по факту окажутся тормозом на пару-тройку дней.

Настоятельно рекомендую подписаться на канал Александа Писанец.
Человек съел собаку на МК, добротная теория в сочетании с онлайн видео уроками
https://www.youtube.com/channel/UCczziZl2-kvBUhzX9...

Я думаю Вам нужно определиться в том, что лично Вас больше устраивает, если хотите делать именно электронные устройства, то теорию электроники, а если программировать для МК, то лучше найти чувака, который будет делать аналоговую часть под вашу программу. Это будет очень годная тема, которая позволит Вм сосредоточиться на качественном коде.