Лучше сейчас использовать WebSockets. Но вообще из вашего комментария следует что проблема у вас в архитектуре а не выборе протокола. Использование WebSockets вместо Long Polling с вашей архитектурой не даст значительной оптимизации. Так как судя по всему, если я вас правильно понял проблема в том что у вас данные из бд выбираются каждые 3 секунды для каждого подключения.
3000 тыс. SQL-запросов в час это 0.8 запроса в секунду что эквивалентно примерно 3 пользователям online
Вам надо использовать комет сервер или сильно оптимизировать свой велосипед.
Раз вы меня сами пригласили ответить на вопрос то вот вам немного рекламы :) Могу предложить обратить внимание на мой проект
comet-server.ru там до 20 человек online можно пользоваться бесплатно.
Так же есть уже готовый многофункциональный
бесплатный (лицензия Apache License 2.0) модуль чата и ещё
несколько готовых решений 
Средний
