Как лучше сделать несколько языков?

Да, это я все знаю и уже сделал. Меня интересует как сделать чтобы при переходе site.com/ru site.com/en включались нужные языки.

По сути. Это понятно, только в том дело если открою site.com/ru откроется папка ru а не язык)

оооой, дк так всё сложно чтоли ...
Ладно, в качестве начального вклада в Ваше начинание, подскажу пример хорошей архитектуры, который позволит Вам хотя бы не сделать сайт с кучей бэкдоров и sql-инъекций. Хотя на счет последнего сомневаюсь.

Есть такое понятие, как front controller. Это единая точка входа в Вашу программу.
Архитектура должна выглядеть так:
Веб-сервер(nginx/apache) принимают запрос, если запрашиваемый файл существует в вебруте, то отдает его клиенту, если нет, то выполняет скрипт фронт котролера(например index.php), передавая ему в get-параметр(например параметр route) uri запроса.
Итого, когда мы запрашиваем на сервере папку "/ru" и у нас данной папки не существует, то вызывается скрипт index.php?route=/ru.
В index.php Вы должны скормить url-запроса классу Router, который его обработает и установит текущий язык в сессию, а также роутер должен определить, как дальше обрабатывать этот запрос. Хорошо, если роутер сфомирует объект Request, который будет хранить максимум информации о запросе.
В идеале Ваш index.php должен после роутера знать, какой именно метод должен обработать данный запрос, вызвать этот метод и получить объект класса Response, содержащий максимум информации об ответе(содержимое, content-type, заголовки кеша и многое другое).
Далее нужно этот объект Response преобразовать уже в привычный нам вывод, добавив нужные заголовки и куки(хотя куки это тоже заголовок).

Может всё таки сперва попробуете хотя бы в каком-нибудь простеньком фреймворке разобраться ?

я Вам объясню еще почему я считаю затею "писать свой движок/cms/..." очень нелепой в моих глазах.
Проблема php-сообщества в том, что пхп очень многое позволяет делать криво-косо, да и вообще не правильно. На данный момент существует просто нереально огромное кол-во всевозможных готовых решений под любые типичные задачи(и большинство из них ужасно написаны и спроектированы, но это др. история). Но всё ровно, каждый, кто узнал, как соединиться с БД и несколько циклов, решает, что пхп-сообществу не хватает cms. Хотя на самом деле пхп-сообществу не хватает просто программистов, которые знают основные паттерны программирования и используют их с умом.
Дк вот, я бы Вам настоятельно посоветовал сперва изучить ООП, MVC и вытекающие из него выдумки, основные шаблоны проектирования(синглтон, фабрики, ...), глянуть GRASP, SOLID, KISS. Это только для начала. Затем глянуть, как написаны некоторые качественные фреймворки, например симфони, yii, ларавель.
Поработать немного в какой-нибудь веб-студии за опыт и еду, с пол годика, а потом уже поймете нужна ли миру очередная cms на php и что она может хорошего предложить.

Если Вы реализуете cms с использование ContentRepository для хранения контента, а также удобный инлайновый визивиг, то думаю, что Ваша cms будем многим полезна.

Еще совет, не используй ты include, делай через autoload и классы, а то при первой же ошибке и отлаживании вырвешь клок волос.