Для каждого сайта создавать свою папку в папкe с фреймворком:
site1.com
site2.com
...
Строить сайт на модульной системе. Все модули хранить в common, основные настройки хранить в common/config/main.php (основные компоненты, за исключением баз данных например), также в common хранить все assets (за исключением отвечающих за темы сайтов), widgets, behaviors, traits, interfaces. В итоге можно получить такую структуру, что в папках site[\d+].com останутся только папки config с минимальными настройками - название сайта, пути, базы данных и т.д., assets и views ()последние два будут отвечать за интерфейс сайтов).
Простой
Средний
