Каким-то образом создал в root папку home, которая дублирует var/www Как её удалить не повредив содержимое var/www?

Скорее всего это был либо симлинк, либо `mount --bind`

Павел Селиванов, Strange, Defman21 - А мне вот интересно, если к примеру хакер получил доступ к /root/home, а вот доступа к /var/www нет.
Мог ли он просто монтировать /var/www/ в директорию home чтобы заполучить доступ к сайту ?

NaStyashka: нет. Во-первых, сделать `mount --bind` ему не хватит прав, для этого нужен root. Во-вторых, даже если кто-то сделает `mount --bind`, права внутри папки останутся те же самые.

Павел Селиванов: он, скорее всего, имел в виду симлинк /var/www в /root/home.