В environments/**/config и environments/**/web хранятся "шаблоны" конфигов (*-local.php) и фронт контроллеров (index.php, index-test.php), которые при выполнении ./init просто копируются в соответствующие директории.
При желании "шаблоны" можно отредактировать под свои задачи.
./init обычно выполняется один раз. На машине, где разрабатываем инициализируем dev, на прод сервере prod окружение. В дальнейшем просто редактируем *-local.php файлы.
Если же по какой-то причине еще раз выполнили ./init, то нам скажут какие файлы изменились и что с ними делать (оставить или переписать). При условии, что ./init выполнена в интерактивном режиме.
Откройте и посмотрите init файл. Там ничего сложного...
