С репликацие тут можно работать, только если вы точно уверены, что никакие ключи не будут пересекаться, и кроме этого, что вы будете делать если в какой-то момент она встанет, и тогда будет совершенно непонятно какая часть данных откуда.
Делайте лучше скриптом, что-то вроде
1) SELECT * FROM A.T1 into outfile 'backup-XXXX";
2) SELECT * FROM B.T1 into outfile 'update-XXXX';
3) LOAD DATA INFILE 'update-XXXX' into A.T1;
Если нужно online все, то тогда лучше сделать это на уровне приложения, чтобы сразу во все таблички данные дописывало. Там и ошибки будет проще ловить.
Простой
