А лишняя запись в DNS - не "мусор"?
Вы слишком сильно заморачиваетесь.
Любой из этих способов имеет право на существование. Главное, файлы в индекс VCS не добавлять.
Ну можно ещё отправку e-mail на hostmaster@your.domain предложить, который, напомню согласно RFC2821 должен быть у домена обязательно, как и postmaster.
StartSSL валидацию прав на домен при выдаче SSL сертификата именно так и делает.
А так, действительно, все способы допустимы и реально в обиходе.
