Как исправить вид Чукотки на карте России?

Возможные проблемы (список не исчерпывающий):

• Проблема в ПО
  А Вы не пробовали показывать GeoJSON встроенными средствами Leaflet?
  leafletjs.com/examples/geojson.html
  
• Проблема в данных
  Попробуйте скачать границы с https://osm.wno-edv-service.de/boundaries/ Там внизу можно выбрать формат и отметить, будет ли пролегать граница по берегу или включать полосу моря вдоль берега. Единственное, для использования этого сервиса нужно иметь аккаунт на openstreetmap.org (регистрация совсем не сложная) и залогиниться с его помощью по кнопке "Enable OAuth" вверху справа.
  И на будущее, если будете обновлять у себя границы, лучше качать оттуда, а не с Overpass.
  

В общем все оказалось просто. Для получения изначального geojson используйте сервис, которые посоветовал Эдуард Эдуард. А для конвертации используйте https://www.npmjs.com/package/topojson , там в доках есть раздел - https://github.com/mbostock/topojson/wiki/Command-... , почитайте его, внимательно! У меня получилась вот такая команда:

$ topojson -o ru.topo.json  ru.geo.json --no-stitch-poles -p

Может это кому пригодится. Чтобы не убивали зря время. По тому что карта России в geojson весит почти 70 Мб - примерно 3 миллиона строк, даже если её прогнать минификатором (галп трудился аж 15 минут), то на выходе получите файл размером примерно 20Мб. Да он будет грузиться у человека вечность! Это ни в какие ворота не лезет! При том, что TopoJson с теми же данными у меня вышел 1.15Мб. Так что выбор очевиден и день прожит не зря!