Почему на сервере один файл по факту может ссылаться на другой файл в другой папке?

Доброго дня.
Есть домен и поддомен, на сервере они, соответственно, разложены по двум разным папкам. Структура такова:

\
 |- domain.com
 |- dev.domain.com
 |- another-domain.com

Dev-домен - это такой же сайт, как и domain.com, только предназначенный для разработки. Соответственно, файловая структура в этих двух директориях одинаковая.

Проблема в том, что файл custom.css в dev.domain.com каким-то образом ссылается на точно такой же файл в domain.com (и наоборот). То есть, если, к примеру, внести изменения в файл dev.domain.com/custom.css, в браузере изменения будут видны на domain.com, и наоборот. При этом все остальные файлы работают как положено!

Решение проблемы есть - просто создал другой файл. Но очень хочется понять, почему такое может быть? В системном администрировании не очень силен, возможно, упускаю что-то довольно очевидное?

Заранее спасибо.