Установка 404, в случае обращения к файлу?

Не совсем, все что не имеет расширения — должно доходить до скрипта, все что имеет разрешенные разрешения — редиректится на аналогичные страницы без расширений, а все остальное — на 404.
Подскажите как модифицировать имеющийся mod_rewrite в таком случае?

<IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine on 
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
  RewriteRule ^(.*)$ index.php?router=$1 [L,QSA]
</IfModule>

Как-то так, набросал на сонную голову, потому не факт что все правильно

RewriteEngine on 
#If no extension rewrite to index.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\..*
RewriteRule ^(.*)$ index.php?router=$1 [L,QSA]

#else if has allowed extension redirect to no extension
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\.(php¦html¦htm)
RewriteRule ^(.*)\.(php¦html¦htm)$ $1 [R=303,L,QSA]

#else rewrite to nowhere
RewriteRule ^(.*)$ nowhere.php [L,QSA]

#init 404 file, can be skiped if nowhere.php returns 404 header
ErrorDocument 404 /404.php

Пересмотрел, так корректнее

RewriteEngine on 
#If no extension rewrite to index.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\..*
RewriteRule ^(.*)$ index.php?router=$1 [L,QSA]

#else if has allowed extension redirect to no extension
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\.(php¦html¦htm)
RewriteRule ^(.*)\.(php¦html¦htm)$ $1 [R=303,L,QSA]

#else rewrite to nowhere
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ nowhere.php [L,QSA]

#init 404 file, can be skiped if nowhere.php returns 404 header
ErrorDocument 404 /404.php

ErrorDocument 404 /404.php разве недостаточно? что вы имеете в виду file with no extension? разве апач не примет его как роут? Срасибо

ErrorDocument 404 /404.php разве недостаточно?

Посмотрел, осмыслил — достаточно.

что вы имеете в виду file with no extension? разве апач не примет его как роут? Срасибо

Исходя из правила — это файл у которого в названии отсутствует точка, т.е. разобрав правило
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\..*
Получим на человеческом НЕ(любые символы-точка-любые символы)

Т.е. первым правилом мы заворачиваем все что не имеет расширения(точки в названии) в index.php
Вторым правилом редиректим все, что имеет указанные расширения на вариант без расширений(типа /example.php=>/example)
Все что не попадает под первые 2 правила и физические фалы на сервере обрабатываются апачем. Если файла по такому адресу нету — отдается 404.

Если автор хочет что бы ВСЕ файлы без расширений и с «разрешенными» расширениями передавались/редиректились на обработчик, даже если такой файл физически есть на сервере, тогда необходимо убрать
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d