Иногда на сайте увеличеное время загрузки страницы, в чем может быть дело?

может и нужно

Мы не знаем, что это за приложение, на каком оно языке, как оно работает, какие процессы выполняет в фоне, использует ли псевдо-крон (на котором может подвисать загрузка), насколько оптимизирована БД, какие операции выполняются при посещении сайта на его долгой загрузке.

Можно попробовать заказать аудит производительности на фрилансе.

landergate: зашел в пхпмайадмин, выделил все таблицы нажал "оптимизировать таблицы" теперь вроде больше не подвисает, что это могло быть?

jrborisov: OPTIMIZE 1) выполняет дефрагментацию файла данных, перенося данные в области, из которых строки ранее были удалены и более не используются; 2) переделывает индекс данных, что полезно, если по каким-то внешним причинам он ранее не создавался или этому что-то препятствовало; 3) освобождает место на диске, уменьшая размер файла данных, убирая из него пустые области удалённых строк (не актуально, если выключен innodb_file_per_table).
dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/optimize-table.html

Если таких удалённых данных до OPTIMIZE было очень много, а SELECTы у приложения не оптимизированы (напр.: не используются индексы), из-за чего запросу приходилось сравнивать вообще все строки в базе, проходя по каждой по очереди, а также если в добавок к этому размер базы больше кол-ва доступного RAM, то да, OPTIMIZE мог повлиять на ускорение.

jrborisov: Понаблюдайте за поведением сайта. Действительно ли зависания исчезли? Лучше собрать статистику за некоторое время.

jrborisov:
Если что, пара нюансов про OPTIMIZE и про то, почему его нет смысла применять просто так: www.olunka.ru/optimizaciya-mysql-optimize-table-ka...

Может у вас это шаред хостинг? Тогда может из-за соседких сайтов плохо работать