По asp.net mvc/web api могу порекомендовать
www.asp.net/aspnet .
Касательно WCF - на мой взгляд ничего удивительного в сроке давности книг нету, я не слышал чтобы за последние годы кто-то всерьез перекопал архитектуру технологии, так что можете смело брать в руки.
По поводу разницы mvc/web api - asp.net mvc предполагает разработку полноценного веб-приложения, которое может иметь api, а может и не иметь. web api - это разработка конкретно rest api. Они безусловно похожи и могут использоваться параллельно, но небольшая разница все-же есть.
По поводу "что считать веб-приложениями?" - на мой личный взгляд вопрос дискуссионный. Что в это слово вкладывается на 100% - наличие серверной стороны приложения, которое в свою очередь имеет доступ к какому-либо хранилищу данных. Кто будет клиентом? лет 10 назад это был бы пользователь браузера, сейчас уже все зависит от задач, которое ваше приложение решает. Возможно это приложение, возможно веб-морда, возможно настольное приложение, которое обращается к серверной логике(хотя бы просто для доступа к данным)
