Проектирование Java приложений для чайников?

Прочитайте «Философия Java» пару раз

Обычная практика как по мне так это есть сущности.
Для этой сущности есть слой dao(репозитории, сторадж не важно), где идёт непосредственно работа с базой (crud), само собой через интерфейс.
Также есть слой сервиса, где идут различного рода проверки на null, какая то ещё логика и вызовы методов из dao. Само собой интерфейс для сервиса

Различные части логики взаимодействуют между собой через вот такие вот сервисы. Т.е. хочешь получить Book по id, делаешь вызов bookService.findById(id); а логика внутри уже этого сервиса делает различного рода проверки на валидность того же id и дёргает соответствующую таблицу в базе

Создаем класс DataBaseConnection, в нем реализуем ваши методы connect, insert, update, delete. Затем в классе main или в другом классе создаем экземпляр этого класса:

DataBaseConnection MySuperCoolDatabase = new  DataBaseConnection(......);
// а затем используем методы
MySuperCoolDatabase.insert(...);
MySuperCoolDatabase.delete(...); // и т.д

Интерфейсы описывают только поведение сущности (что может делать объект, реализующий интерфейс, через свои методы, какие он может генерить события и через какие свойства он может рассказывать о себе)

Для работы с базой данных, посмотрите пример реализации с использованием фреймворка MyBatis. www.mybatis.org/core/getting-started.html

Мне в нем очень нравится архитектура, в которой происходит работа с объектами базы данных. Все достаточно логично и наглядно.

Здесь применяется sqlSessionFactory, который отвечает за подключение к базе данных. Для доступа к конкретным сущностям используются мапперы, например BlogMapper. Эти мапперы позволяют считывать, изменять и удалять объекты Blog из базы данных.

sqlSessionFactory создается при старте приложения и сохраняется, например, в Singleton поле.

>Но где его создавать (объект класса)? В классе main или правильней создавать отдельный класс для этого, а в main оставить только его создание?

Очень правильно мыслите. Прежде всего прочтитайте про Dependency Injection. Суть в том, что каждый объект не должен самостоятельно создавать другие объекты приложения, а должен ожидать его получить извне через конутруктор или сеттер. Ну а дальше можете либо создать вспомогательный класс ApplicationContext, где создаете все экземпляры и передаете объекты друг другу или сделайте как это принято практически везде: черех описание в spring xml.

>В общем интересует в первую очередь правильное планирование архитектуры приложения, в каких случаях нужно создавать интерфейс, класс, а в каких случаях можно обойтись методами.

Каждый класс должен иметь как можно более функционально сцепленную логику. Работа с БД — один класс, бизнес-логика в другом и так далее. Видите какую-то отличную от всего остального специфику — выносите. Что касается интерфейсов. Можете начать с того, что бы делать интерфейс на каждый класс. Типа FooService + FooServiceImpl.