Javascript — зачем изучать чистый JS?

react, angular, webpack, nodejs, d3, phaser - везде необходимо знание JS.
Предположу, что Вы весьма недавно в мире frontend, где большинство в своей время так же начинали с сайтиков на jQuery. Но по мере карьерного роста, знание VanillaJS является неотъемлимой необходимостью.
Если хотите в будущем писать классные веб-приложения - учите JS = ES5, ES2015, ES7 (из него, пожалуй надо знать о декораторах, class properties, function bind для начала).

jQuery был очень популярен раньше, из-за ie 8 и 9, потому что если бы вы писали на чистом JS, то вам пришлось бы дописывать кучу полифилов для этих браузеров. jQuery все проблемы с несовместимостью решал, поэтому было вполне логично использовать именно его для различных плагинов.
Сейчас очень многие отказываются от поддержки браузеров ниже ie 10 (да и от 10 тоже), потому можно спокойно использовать ES5, а там добавлено куча всего полезного, что спокойно может заменить jQuery, например, youmightnotneedjquery.com .
А по сути, для верстки (не фреймворков, а простых манипуляций на странице) чистый JS не так уж сложен. Посмотрите ссылку выше, там всё, что вы используете в jQuery написано на чистом JS, а то, что не понятно, легко гуглится - есть десятки бложиков, есть MDN, где вам всё разжуют и покажут на множестве примеров.