Прочитал, что MongoDB имеет ограничение в 4Мб на документ. Я не ошибся?

1) Для текстовых данных — 4MB — это очень много, все бинарные данные уйдут в GridFS
2) В версии 1.7 это возможно будет настраиваться
3) Если вы все же выйдете за пределы 4MB, то решается изменением структуры БД — для приведенного примера делаем коллекцию комментариев «плоской» со ссылками. Подробнее по вариантам работы с древовидными данными в Mongo см www.mongodb.org/display/DOCS/Trees+in+MongoDB

прошу прощения, не туда

>оно меня больше беспокоит чем 4мб на запись
Я так понимаю, вам каждый день приходится работать с базами данных с 24 тысячами таблиц в каждой. Верно?

неверно.
просто я не хочу менять паравоз на скрости света ;)

По-моему, логика приложения проще будет, если хранить в посте либо сами комменты, либо ссылку на гридфс, где эти комменты хранятся в сериализованном виде. Хотя всё зависит от задачи, если поиск по комментам нужен, то тут да, если не писать свой поиск, то либо продолжение текущего документа, либо хранить комменты в «нормализованном» виде в отдельной коллекции

В варианте с отдельной колекцией на каждый запрос поста нужен второй запрос для комментов.
В варианте с продолжением нам надо а)каждый раз проверять достижение максимума, б)второй запрос при достижении, в)мы лишаемся атомарного добавления комментария, т.к. надо будет сначала запросить заново пост, проверить ограничение и потом уже добавлять. Этот шаг можно оптимизировать если в форму добавить сразу ObjectID поста или документа с продолжением комментариев, и мы сможем и атомарно добавлять их.
В общем, я не вижу проблемы в 4 мб, к тому же если грубо подсчитать что в комменты на русском в юникоде и ограничить их 1000 символов, это 2 кб на комментарий, и 2000 комментариев в посте. ИМХО в таких ситуациях их лучше разнести для удобства читателя в первую очередь.