Если создавать под Android/iOS на JavaScript, то на чем это лучше делать?

В топе Cordova/PhoneGap, но идеальной она не является и идеальных инструментов не бывает, а в этом направлении вообще все грустно, поэтому выбирайте в зависимости от задачи, и по своему вкусу.

Если знаете react то react native
На cordova возможностей побольше будет, но соответственно и возможностей сделать тормазнутую приложеньку вероятность сделать больше.
В случае с cordova лучше минимизировать dom, в идеале единственный canvas, в котором весь ui

На данный момент есть два подхода в писанине на JS под mobile:
1) Взять фреймворк который оборачивает webview и валить на html+css+js точно так же как валишь при создании сайтов,собственно это основное(единственное?) их достоинство. Из недостатков - все выглядит как страница в браузере а не приложение и тормозит при малейшем сложном UI(ну по крайней мере так было раньше). Типичные представители: Cordova(он же Phonegap), основанный на кордове Ionic(angular под мобилки), и rhomobile(кстати где он?). Возможно будут вытеснены в скором времени Progressive web apps.
2)Фреймворк которые использует js для создания нативного UI. Это React native, Appcelerator Titanium. Компоненты UI действительно нативные(но представленны не все, возможно придется написать свою) и в целом приложение тормозит меньше. React native требует знания "react way" и в этом случае является лучшим выбором чем titanium.