Какую систему сборки использовать?

Что в вашем понимании "долго"? "Перевести" 1-2 проекта на maven или gradle, даже если там кругом мегакостыли, это день, максимум два работы. Заодно вычистятся костыли, появится уверенность в завтрашнем дне относительно сторонних зависимостей, короче, можно будет перестать нервничать и начать уверенно собирать. Еще лучше прикрутить к этому Jenkins и юниттесты (это можно делать постепенно). Такая инвестиция отобьется тем быстрее, чем больше народу будет работать над кодом. Дописывание скриптов для скриптов - просто заментание проблемы под ковер ))