Почему PANTONE цвета после их удаления из панели swatches и последующего добавления обратно превращаются в CMYK цвета с дробями?

Не знаю точно, но скорее всего дело обстоит так:

В макете у тебя есть объекты, раскрашенные пантонами. Пантон всегда имеет привязку к своему сватчу, в отличие от обычного цвета, который может не иметь свой собственный сватч. Эта привязка пантона к сватчу происходит, так как пантон является краской, участвующей в цветоделении макета. Цветоделение можно посмотреть в панели Separations Preview - там помимо красок CMYK будут все твои пантоны из макета.

Теперь, когда ты удаляешь пантоновые сватчи, эти краски удаляются из цветоделения, и должны быть заменены. Чем? CMYK-ом - нужно же как-то разбить макет на краски. Вот эти CMYK-значения ты и добавляешь потом через Add used colors